盗窃的作案工具车辆会被依法没收并上缴国库。具体处理方式依据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，详细分析如下：

一. 作案工具车辆的没收条件

* **供犯罪所用的本人财物**：如果作案工具车辆是犯罪嫌疑人为方便盗窃而使用的本人财物，那么该车辆应当被认定为供犯罪所用的财物，依据法律规定予以没收。例如，犯罪嫌疑人使用自己的车辆进行盗窃活动，该车辆即被视为作案工具而被没收。

二. 盗窃所得车辆的处置

* **追缴或责令退赔**：如果作案工具车辆是盗窃所得的赃物，即犯罪嫌疑人通过盗窃手段获得的车辆，那么该车辆应当被追缴或责令退赔给被害人。一旦查实该车辆为盗窃所得，相关部门将依法追缴该车辆，并将其返还给真正的合法所有人。

三. 特殊情况的处理

* **权属审查**：在审理过程中，司法机关会对作案工具的权属进行审查。若查明作案工具的所有权人是犯罪分子本人所有，则依法予以没收。若作案工具系犯罪分子与他人共同所有，且共同所有人对犯罪并不知情，则不应予以没收，以免损害共同所有人的权益。
* **使用次数与价值考量**：是否将车辆认定为作案工具并予以没收，还需从使用的次数、作案工具的价值与犯罪成本之间的关系等多个方面来考察。例如，车辆大部分时间用于家庭出行，仅偶尔用于犯罪，且犯罪数额与车辆价值相差悬殊时，不宜将该车辆认定为作案工具予以没收。

四. 没收后的处理

* **上缴国库**：没收的作案工具车辆将上缴国库，由国家进行统一处理。这些车辆通常会被销毁或用于其他合法用途，以防止其再次被用于犯罪行为。

综上所述，盗窃的作案工具车辆的处理方式主要取决于车辆的来源、性质、权属以及使用情况。我建议相关人员在面对此类问题时，应咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。