被收购方控股股东被交易所出具警示函，一般不会直接影响重大重组的进行。具体分析如下：

首先，我们需要明确的是，交易所出具的警示函通常是对上市公司或其控股股东、实际控制人等因某些违规行为（如信息披露违规）而采取的一种监管措施，旨在提醒和警示，并不等同于证监会立案调查或司法机关立案侦查的严重程度。

接下来，我们根据相关法律法规来具体分析这个问题：

1. 关于非公开发行股票的条件：根据《上市公司证券发行管理办法》的相关规定，上市公司存在某些特定情形时，不得非公开发行股票。其中并未明确将被出具警示函作为禁止非公开发行股票的情形之一。

2. 关于重大资产重组的条件：同样地，根据《上市公司重大资产重组管理办法》的相关规定，上市公司实施重大资产重组需要满足一系列条件，其中也并未明确将被出具警示函作为禁止重大资产重组的情形之一。

因此，从法律法规的角度来看，被收购方控股股东被交易所出具警示函，并不会直接构成上市公司进行重大重组的法律障碍。

然而，虽然法律上并未明确禁止，但在实际操作中，交易所出具的警示函可能会对上市公司的市场形象、投资者信心以及监管机构的审核态度产生一定影响。因此，在进行重大重组时，上市公司仍需要充分考虑这一因素，并采取相应的措施来应对可能带来的不利影响。

综上所述，被收购方控股股东被交易所出具警示函，一般不会直接影响重大重组的进行，但上市公司仍需谨慎对待，并采取相应的应对措施。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。