农村自建房施工合同批复前没盖章，批复后一般是可以补盖章的。但具体是否可以补盖章，以及补盖章的法律效力，还需根据实际情况进行分析。以下是对此问题的详细解答：

1. 合同盖章的重要性：在合同签订过程中，盖章是确认合同内容、表明合同双方意愿的重要手段。通常，合同在双方签字盖章后生效，成为双方履行权利义务的依据。

2. 批复前未盖章的情况：如果农村自建房施工合同在提交批复前未盖章，可能意味着合同尚未正式生效。然而，这并不意味着合同完全无效或无法补救。

3. 批复后的补盖章：

   • 法律效力：在批复后补盖章，如果双方均认可并同意，且补盖章的行为不违反法律法规的强制性规定，那么补盖章后的合同通常具有法律效力。
   • 实践操作：在实际操作中，补盖章的行为需要双方协商一致，并明确补盖章的日期和效力。为了避免后续纠纷，建议在补盖章时同时签署一份补充协议，明确补盖章的缘由、效力及双方的权利义务。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果批复机构对合同盖章有特定要求，或者合同涉及第三方权益（如银行贷款、担保等），那么在补盖章前可能需要征得批复机构或第三方的同意。
   • 如果合同已经部分履行，补盖章时需要考虑到已履行部分的实际情况，确保补盖章后的合同与实际情况相符。

综上所述，农村自建房施工合同批复前没盖章，批复后一般是可以补盖章的。但在补盖章前，双方应协商一致，并明确补盖章的效力及双方的权利义务。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保合同的合法性和有效性。