在诈骗案件中，对于未查明去向的款项，处理起来需要综合考虑多个方面。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律程序上的处理：

   • 在诈骗案件侦查阶段，若款项去向尚未查明，公安机关会继续进行调查，包括调取相关证据、询问嫌疑人及证人等，以尽力追踪款项的流向。
   • 若案件进入审判阶段，款项去向仍未查明，法院会根据已查明的案件事实，依法对被告人进行定罪量刑。对于未查明的款项，法院可能会在判决中予以说明，并指出待款项去向查明后再作进一步处理。

2. 被害人权益的保护：

   • 对于被害人而言，若诈骗款项未能追回，可以通过刑事诉讼程序中的退赔制度来寻求救济。即，在被告人被定罪量刑后，法院会判决被告人向被害人退赔诈骗所得。
   • 若被告人无力退赔或退赔不足，被害人还可以考虑通过民事诉讼途径来追究相关责任人的民事责任，以寻求经济赔偿。

3. 款项的追回与处置：

   • 若在后续侦查或执行过程中，款项去向得以查明，公安机关或法院会依法采取相应措施追回款项，并根据法律规定进行处置。
   • 追回的款项通常会优先用于退赔被害人，若有多余部分，则可能作为违法所得予以没收，上缴国库。

综上所述，对于诈骗案件中未查明去向的款项，需要公安机关、法院等多方共同努力进行追踪和处理。同时，被害人也应积极通过法律途径来维护自己的合法权益。在处理过程中，应严格遵守法律规定，确保程序的公正性和合法性。