公司在股东不知情的情况下被注销是不合法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 违反《公司法》规定：

   • 根据《公司法》第一百八十条，公司解散必须经过股东会或者股东大会的决议。若未经股东会决议，即未经股东同意，就擅自注销公司，直接违反了《公司法》关于公司解散和清算的法定程序。

2. 侵犯股东权益：

   • 股东作为公司的出资人，享有对公司重大事项的决策权，包括公司是否解散。在股东不知情的情况下注销公司，严重侵犯了股东的决策权和知情权，股东有权起诉维权。

3. 可能引发法律责任：

   • 未经股东同意注销公司，不仅违反法律规定，还可能引发一系列的法律责任。包括但不限于民事赔偿责任，即受损股东有权要求实施该行为的主体承担民事赔偿责任，以弥补其经济损失；在极端情况下，还可能触发刑事责任，如虚报注册资本罪、虚假出资、抽逃出资罪等。

4. 特殊情况下的合法性探讨：

   • 值得注意的是，如果公司章程或股东间存在特别约定，赋予部分股东在特定情形下不经全体股东同意即可决定注销公司的权利，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按此约定进行的注销行为可能不构成违法。但此类情况较为罕见，且需严格审查约定的合法性和有效性。

综上所述，公司在股东不知情的情况下被注销是不合法的，违反了《公司法》的相关规定，侵犯了股东的权益，并可能引发一系列的法律责任。因此，在进行公司注销前，务必遵循法定程序，确保所有必要步骤均得到妥善执行，并充分保障股东的知情权和决策权。如果您或您所在的公司面临类似问题，建议及时向我咨询，以便获得专业的法律帮助和解决方案。