公司破产执行时，通常是按照法院判决的股份比例来进行，而非工商登记的股份比例。下面我来详细解释这一点：

1. 工商登记的股份比例：这是公司在设立或变更时，向工商行政管理部门登记备案的股东及其持股比例。它反映了公司股东结构的基本状态，是公司日常运营和对外交往的基础。

2. 法院判决的股份比例：在某些情况下，如股东之间发生争议、公司陷入破产等，法院可能会根据相关法律法规和事实情况，对股东的持股比例作出判决或裁定。这种判决或裁定具有法律效力，必须履行。

3. 破产执行中的应用：

   • 当公司进入破产程序后，其资产的分配和债务的清偿需要依据法律规定进行。此时，如果股东的持股比例已经由法院作出判决或裁定，那么破产执行时就会按照这一比例来进行。
   • 工商登记的股份比例虽然重要，但在破产执行中，如果与法院判决的股份比例不一致，那么通常会以法院判决为准。因为法院判决具有更高的法律效力，必须履行。

综上所述，公司破产执行时，通常是按照法院判决的股份比例来进行。如果对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。