根据国务院的《校车安全管理条例》规定，对于未能取得校车驾驶证而驾驶校车的行为，公安机关交通管理部门将采取以下处罚措施：

首先，会扣留该机动车，以确保学生的安全，防止无资格的驾驶员继续驾驶校车。接着，会对违法者处以1万元以上2万元以下的罚款，这一罚款数额体现了对违法行为的严厉打击，以及对校车安全的高度重视。如果违法者有违法所得，还会予以没收，进一步体现法律的公正性和对违法行为的惩戒。

此外，如果取得道路运输经营许可的企业或者个体经营者存在此类违法行为，除了上述的处罚外，情节严重的，交通运输主管部门还将吊销其经营许可证件。这一措施旨在加强对道路运输市场的监管，确保提供校车服务的企业和个体经营者都具备合法的资质和条件。

总的来说，对于未能取得校车驾驶证而驾驶校车的行为，法律将给予严格的处罚，以保障学生的生命安全和校车运行的合法性。同时，也提醒所有驾驶员和道路运输经营者，必须严格遵守相关法律法规，确保校车安全、合规地运行。