跟在大型集装箱车后面误闯红灯，一般情况下是会被认定为闯红灯并受到处罚的，即扣6分并处以20元以上200元以下罚款。不过，也存在一些特殊情况可以争取撤销或调整处罚。
详细分析如下：
一般情况下的处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将处警告或者二十元以上二百元以下罚款。同时，根据道路交通安全违法行为的记分规定，驾驶机动车不按交通信号灯规定通行的，一次记6分。
- 电子眼拍摄闯红灯违法行为时，会拍摄多张照片取证，记录车辆在红灯过程中的位置移动，作为判定闯红灯的依据。
特殊情况下的申诉：
- 如果你能提供充分的证据（如行车记录仪视频等），证明自己是因为跟在大型集装箱车后面，视线完全被遮挡，无法看到交通信号灯的变化，从而导致误闯红灯，那么你可以向交警部门提出申诉。交警部门在核实情况后，有可能会根据具体情况进行人性化处理，撤销原来的处罚决定或调整处罚。
驾驶人的注意义务：
- 作为驾驶人，你应保持足够的视野范围，确保能看到前方的信号灯并保证安全刹车距离。即使跟在大货车后面可能会因为视线受阻而误闯红灯，但根据相关法规，这并不能作为免除处罚的理由。
- 为了避免误闯红灯，你在行驶过程中应保持与前车的安全距离，确保能够观察到前方的交通信号灯。同时，也要注意观察其他交通参与者的动态以及路口的交通状况，做到谨慎驾驶。
综上所述，跟在大型集装箱车后面误闯红灯一般会受到处罚，但在特殊情况下可以通过申诉来争取撤销或调整处罚。我建议你时刻保持警惕，遵守交通规则，确保行车安全。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。