您好，针对您提出的“包干合同内容和开具发票内容不一致”的问题，这确实是一个需要谨慎处理的涉税事项。以下是对此问题的详细解答：

一、问题背景与风险

在业务实践中，合同签订与发票开具不一致可能会带来涉税风险。特别是在全面营改增后，不同业务与行业适用税率的差异较大，如果合同内容与发票内容不符，可能引发税务部门的关注，甚至导致税务违规或税务调查。

二、案例分析

案例一：设备销售与安装服务

• 合同签订：A企业在销售机器设备的同时提供安装服务，但合同金额未分别体现设备销售金额与安装金额。
• 发票开具：A企业分别罗列了销售金额与安装金额，并适用了不同的税率。
• 风险解析：根据相关政策，销售自产或外购机器设备的同时提供安装服务，应分别核算销售额。否则，合同签订与发票开具不符将存在涉税风险。

案例二：EPC项目

• 合同签订：城东建筑公司承接EPC项目，总包金额包括设计费、材料采购费、建筑施工费等，且合同条款中注明了各部分适用的税率。
• 发票开具：按照合同约定的税率分别开具了设计费、材料费、建筑服务费的发票。
• 风险解析：EPC业务属于兼营行为，需要分别核算不同业务并适用不同税率。如果未分别核算或发票开具与合同不符，同样存在涉税风险。

三、政策依据与解析

• 混合销售与兼营销售：根据财税〔2016〕36号文，混合销售是指一项销售行为既涉及服务又涉及货物，而兼营销售则是指不同客户或不同服务项目适用不同税率。
• EPC业务的界定：EPC业务不属于混合销售行为，而是属于兼营行为。纳税人需要针对EPC合同中不同的业务分别进行核算，并按各业务适用的不同税率分别计提销项税额。

四、建议与措施

1. 合同签订时明确细节：在签订合同时，应明确合同内容、金额以及各部分适用的税率，确保合同与发票内容一致。
2. 分别核算不同业务：对于兼营销售或混合销售业务，应分别核算不同业务或不同税率的销售额，以避免税务风险。
3. 及时咨询税务部门：在实际操作中，如遇到不确定的税务问题，应及时咨询当地税务部门或专业税务顾问，确保合规操作。

综上所述，包干合同内容和开具发票内容不一致可能会带来涉税风险。因此，在签订合同和开具发票时，应严格遵守相关税收法规和政策，确保合同内容与发票内容一致，以降低税务风险。