关于“药师原件由公司代管协议的法律依据和效力”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
结论前置
药师原件由公司代管协议的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定，特别是关于委托合同、保管合同的部分。其效力则取决于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否满足法律规定的形式要件。
法律依据
- 《中华人民共和国民法典》：
- 第四百六十四条：合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定；没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
- 第八百八十八条：保管合同是保管人保管寄存人交付的保管物，并返还该物的合同。寄存人到保管人处从事购物、就餐、住宿等活动，将物品存放在指定场所的，保管人应当妥善保管。当事人对保管期限没有约定或者约定不明确的，保管人可以随时请求寄存人领取保管物；约定保管期限的，保管人无特别事由，不得请求寄存人提前领取保管物。
- 第八百八十九条：寄存人应当按照约定向保管人支付保管费。当事人对保管费没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，视为无偿保管。
效力分析
- 合法性：协议内容必须遵守法律法规，不得违反强制性规定，否则协议无效。
- 意思表示真实：双方签订协议时，必须出于自愿，且对协议内容有充分的理解，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 形式要件：根据法律规定，某些合同可能需要采用书面形式，并可能需要办理相关登记或备案手续。药师原件由公司代管的协议，虽然不一定需要特别的登记或备案，但采用书面形式并明确双方权利义务是更为稳妥的做法。
实际应用
- 在签订药师原件代管协议时，双方应明确约定代管的范围、期限、费用、责任等条款，以确保协议的合法性和有效性。
- 如发生纠纷，双方可依据协议内容寻求法律救济，如协商、调解、诉讼等。
综上所述，药师原件由公司代管协议的法律依据主要来源于《中华人民共和国民法典》中关于合同的相关规定，其效力取决于协议内容的合法性、双方意思表示的真实性以及是否满足法律规定的形式要件。在签订和履行协议过程中，双方应严格遵守法律法规，确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或纠纷，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。