在限速80公里/小时的高速公路上，如果车速达到了99公里/小时，这同样构成了超速行驶。具体来说，这种情况下的超速比例接近但略低于25%（（99-80）/80=23.75%），但仍然属于超速20%以上但未达到50%的范畴。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，对于此类超速行为，驾驶员将面临以下处罚：
罚款：罚款金额可能因地区而异，但通常会在法律规定的范围内，即20元以上200元以下，或者更具体的估计在200元至500元之间。实际执行时，需以当地交通管理部门的具体规定为准。
扣分：驾驶员的驾驶证将被扣除6分。
此外，还需要注意的是，超速行驶不仅违法，而且极易引发交通事故，对驾驶员和乘客的生命财产安全构成严重威胁。因此，驾驶员应严格遵守交通规则，保持合理的车速，避免超速行驶。
如果不幸超速行驶被电子监控设备抓拍或交警现场查处，驾驶员应及时查询和处理违章记录，以免因延误而产生滞纳金等额外费用。同时，也应将此次经历作为教训，增强交通安全意识，确保今后的行车安全。
综上所述，对于在限速80公里/小时的高速公路上跑到99公里/小时的行为，驾驶员将面临罚款和扣除6分的处罚，具体罚款金额需参考当地交通管理部门的规定。同时，驾驶员应深刻反思并严格遵守交通规则，确保行车安全。