当速卖通卖家遇到纠纷中的少件问题时，可以采取以下步骤来处理：

一、初步核实与沟通

1. 及时回应买家：收到买家的少件反馈后，应尽快回应，表达关心和重视，询问具体情况。
2. 请求买家提供证据：请买家提供收到的商品照片、包装情况等信息，以便核实是否确实存在少件问题。

二、自查与核实

1. 检查发货记录：回顾发货时的记录，包括打包视频、称重记录等，确认是否按照订单要求发齐了所有商品。
2. 核对物流信息：在速卖通后台的物流中心查询物流信息，特别是物流核出的重量，与订单商品的重量进行比对，看是否有明显差异。

三、与物流方沟通

1. 联系物流提供商：如果初步核实发现可能是物流环节的问题（如半托管订单拆包、组包造成的少件），应及时联系物流提供商（如菜鸟物流），说明情况并请求协助查找。
2. 申请物流赔偿：如果物流方确认存在责任，并且造成了损失，可以按照物流赔偿流程申请赔偿。不过，这一环节往往比较复杂，需要卖家提供充分的证据，并耐心沟通。

四、与买家协商解决方案

1. 补发或退款：如果确认是卖家或物流方的责任，应与买家协商补发缺失的商品或进行退款处理。具体方案应根据买家的需求和实际情况来确定。
2. 提供额外补偿：为了维护买家体验和店铺声誉，可以考虑在补发或退款的基础上，提供一些小礼品或优惠券作为额外补偿。

五、总结与预防

1. 总结经验教训：处理完纠纷后，应总结经验教训，分析少件问题的原因，是发货环节、物流环节还是其他环节出了问题。
2. 优化发货流程：针对发现的问题，优化发货流程，比如加强打包环节的监督、改进物流选择等，以减少类似纠纷的发生。

总之，处理速卖通纠纷中的少件问题需要耐心、细心和责任心。通过与买家的有效沟通、自查与核实、与物流方的积极沟通以及与买家的协商解决方案，可以妥善解决这类纠纷，并维护店铺的良好声誉和买家体验。