善意取得房屋所有权在一定条件下能对抗执行和解协议。具体分析如下：

善意取得制度旨在保护交易中的善意第三人，使其能够取得物权等合法权益。在执行程序中，若执行标的涉及善意取得的财产，情况会相对复杂。一般来说，若执行标的符合善意取得的构成要件，即第三人受让时属善意、以合理价格受让，并且已经完成了物权变动的公示（如登记），那么第三人基于善意取得获得的财产所有权等权益，是有可能对抗执行和解协议的。

然而，这并不绝对。在执行过程中，还需综合考量多种因素。例如，如果执行申请人拥有更优先的权利，如担保物权等，那么即使第三人善意取得了财产，执行也可能继续进行。另外，如果第三人在取得财产时并非善意，如明知财产存在争议或来源不合法仍受让，那么即便形式上符合善意取得的条件，也不能对抗合法的执行。

特别地，在房产领域，若买受人同时满足在人民法院查封之前已签订合法有效的书面买卖合同、已合法占有该不动产、已支付全部价款或按合同约定支付部分价款且将剩余价款按照人民法院要求交付执行、非因买受人自身原因未办理过户登记等条件，其基于善意取得的房屋所有权是有可能优先于强制执行权的。

综上所述，善意取得房屋所有权能否对抗执行和解协议，需根据具体情形综合判断。如果你面临相关问题，建议详细咨询专业律师，以便更准确地了解你的权益和可能的法律后果。