关于在专用条款中约定变更通用条款的建工合同效力，我可以明确告诉你，这种约定是有效的，但前提是必须双方协商一致，且不能违反法律法规的强制性规定。
合同效力的法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同当事人在成就合同过程中，对合同的通用条款进行修改或补充，只要是合同当事人真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定的，经合同当事人确认的就是有效的合同行为。这意味着，在专用条款中约定变更通用条款，只要满足上述条件，就是有效的。
专用条款与通用条款的关系：在建设工程合同中，通用条款通常是由行业组织或政府部门制定的，具有普遍适用性。而专用条款则是针对特定工程项目，由合同双方根据实际需要协商确定的。因此，专用条款在某种程度上可以对通用条款进行补充或修改，以适应具体工程项目的需求。
变更的注意事项：虽然专用条款可以约定变更通用条款，但在实际操作中，双方应当谨慎行事。首先，变更内容必须明确、具体，避免产生歧义。其次，变更应当遵循公平、合理、诚实信用的原则，不得损害对方的合法权益。最后，变更后的合同内容应当符合法律法规的规定，否则可能导致合同无效或产生其他法律纠纷。
综上所述，在专用条款中约定变更通用条款的建工合同是有效的，但前提是必须双方协商一致，且不能违反法律法规的强制性规定。如果你在实际操作中遇到相关问题，可以随时向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。