大件运输车辆没有超限通行证，行政机关确实有权采取行政强制措施扣留车辆。下面我将从法律依据和实际操作两个角度进行详细说明：

法律依据

1. 《中华人民共和国道路交通安全法》：该法规定，机动车应当按照规定悬挂机动车号牌，放置检验合格标志、保险标志，并随车携带机动车行驶证。对于未随车携带行驶证或者未悬挂机动车号牌的情况，公安机关交通管理部门可以扣留机动车。虽然该条款未直接提及超限通行证，但超限通行证作为大件运输车辆合法上路的必要证件，其缺失可视为车辆未按照规定上路，因此行政机关有权采取相应措施。

2. 《超限运输车辆行驶公路管理规定》：该规定明确指出，大件运输车辆必须持有超限通行证方可上路行驶。对于未持有超限通行证的大件运输车辆，公路管理机构可以依法采取行政强制措施，包括扣留车辆。

实际操作

在实际操作中，如果大件运输车辆没有超限通行证，行政机关（如公路管理机构、交通警察等）在发现后，会首先进行询问和调查，确认车辆是否确实未持有超限通行证。一旦确认，行政机关会依法采取行政强制措施，扣留车辆，并要求车主或驾驶员按照规定补办相关手续或接受处罚。

建议与提醒

1. 提前办理超限通行证：大件运输车辆在上路前，应提前向相关部门申请办理超限通行证，确保车辆合法上路。

2. 了解相关法律法规：车主或驾驶员应了解并遵守相关法律法规，避免因不了解规定而引发不必要的麻烦。

3. 积极配合行政机关：如果车辆被扣留，车主或驾驶员应积极配合行政机关的调查和处理，按照要求补办相关手续或接受处罚。

综上所述，大件运输车辆没有超限通行证时，行政机关有权采取行政强制措施扣留车辆。因此，车主或驾驶员应提前办理好相关手续，确保车辆合法上路。如有问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。