在夫妻关系分居期间，如果夫妻共同财产100万元不知去向，这是一个需要仔细分析的问题。首先，我们要明确的是，夫妻共同财产在分居期间仍然属于双方共有，任何一方都无权单独处分。

1. 明确财产去向：

   • 建议首先通过沟通、查询银行账户、审查相关财务文件等方式，尽力查明这100万元的具体去向。这可能涉及到夫妻双方的共同账户、投资、借贷或其他财务活动。

2. 法律途径维权：

   • 如果发现其中一方擅自处分了夫妻共同财产，另一方有权通过法律途径维护自己的权益。这包括但不限于提起诉讼，要求擅自处分财产的一方承担法律责任，并追回被处分的财产或获得相应的补偿。

3. 分居期间的财产管理：

   • 分居期间，虽然夫妻关系仍然存续，但双方应尽量避免单独处分夫妻共同财产，以免引发不必要的法律纠纷。建议双方可以协商制定一份财产管理协议，明确各自的权利和义务，以及财产的管理和使用方式。

4. 专业法律咨询：

   • 在处理这类复杂的财产纠纷时，寻求专业律师的帮助是非常必要的。我可以为你提供详细的法律咨询，帮助你分析案情，制定合适的维权策略，并为你提供专业的法律支持。

综上所述，如果夫妻共同财产在分居期间不知去向，你应首先尽力查明财产去向，然后通过法律途径维护自己的权益。同时，为了避免类似的纠纷再次发生，建议双方在分居期间协商制定一份财产管理协议。如果你需要进一步的法律帮助或咨询，请随时联系我。