女方父亲有案底对女方与军人的婚姻关系确实可能产生一定影响，但并非绝对障碍。以下是对此问题的详细分析：

结论前置：女方父亲有案底并不直接决定女方能否与军人结婚，而是需根据案底的性质、严重程度以及部队的政治审查要求来综合判断。一般情况下，普通犯罪案底对军婚影响较小，但涉及严重危害国家安全等犯罪的案底可能会增加政审难度。

分析说明：

1. 法律规定层面：

   • 我国法律法规并未明确禁止女方父亲有案底时，女方与军人的婚姻关系。
   • 军队人员的结婚对象应政治可靠、思想进步、品行端正，这主要关注的是拟结婚对象本人的政治背景和品行。

2. 实际审查层面：

   • 普通犯罪案底：若女方父亲的案底属于情节较轻、社会危害性较小的犯罪，且刑罚已经执行完毕，通常对女方与军人的结婚影响较小。只要女方本人政治合格、品行良好，一般不影响军婚的缔结。
   • 严重危害国家安全等案底：若女方父亲涉及危害国家安全、涉黑涉恶等严重犯罪，可能会增加女方通过政治审查的难度。这类案底需要更为严格的审查和评估，但最终能否结婚还需结合女方本人的表现等多方面因素。

3. 特殊情况考虑：

   • 如果军人从事的是涉及军事机密的高科技工作，非军人一方（包括其家庭成员）若有危害国家利益的犯罪记录，就可能成为双方结婚的障碍。

建议与对策：

• 在决定军婚前，建议双方充分了解相关法律规定，特别是关于军队人员婚姻管理的具体要求。
• 可直接向我咨询，以确保婚姻的合法性和稳定性，避免因信息不对称或误解而导致的不必要的麻烦和障碍。

通过全面的法律咨询和准备，可以更有效地保障双方的合法权益，促进婚姻关系的顺利建立与发展。如果您有进一步的问题或需要具体的法律建议，请随时告诉我。