在合同纠纷中，通常不能直接列合同相对方的上级单位为被告。下面我将详细解释这一结论，并说明相关法律依据和特殊情况。
基本原则
在合同纠纷中，确定被告的基本原则是依据合同关系中的双方当事人。当合同关系清晰，双方权利义务明确时，应直接将合同的另一方列为被告。这是因为合同具有相对性，即合同中的权利和义务仅对合同当事人具有法律约束力。
法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。合同相对性原则是合同法的基本原则之一，它要求合同的效力仅及于合同当事人，而不及于合同以外的第三人。
特殊情况
虽然通常不能直接列合同相对方的上级单位为被告，但在某些特殊情况下，可能涉及上级单位的责任。例如：
代理关系：如果合同相对方是以其上级单位的名义签订合同，且上级单位对此知情并同意，那么根据代理关系，可以列上级单位为被告。但这需要具体证据来证明代理关系的存在。
分公司与总公司：如果合同相对方是分公司，且分公司无法独立承担民事责任，那么可以追加总公司为共同被告。但这种情况下，也是基于分公司与总公司之间的法律关系，而非直接列上级单位为被告。
其他特殊情况：如合同相对方存在挂靠、借用资质等违法行为，且其上级单位对此负有监管责任或参与其中，那么在某些情况下，可能可以基于共同侵权或连带责任等法律原则，将上级单位列为被告。但这需要具体案件的具体分析，并需提供充分的证据来支持。
结论与建议
综上所述，在合同纠纷中，通常不能直接列合同相对方的上级单位为被告。如果认为上级单位可能承担责任，应首先明确其与合同相对方之间的法律关系，并提供充分的证据来支持。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将竭诚为您解答。