军人犯罪应由军队保卫部门、军事检察院和军事法院按照法定程序处理。具体分析如下：
一. 适用法律与原则
- 法律适用：军人犯罪首先适用《中华人民共和国刑法》，同时，军人特定的违反职责犯罪行为及其处罚也受《中华人民共和国惩治军人违反职责罪暂行条例》的约束，该条例现已纳入刑法分则第十章。这体现了法律面前人人平等的原则，军人并无特权。
二. 管辖与处理机构
- 军队保卫部门：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零八条，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件具有侦查权，负责收集证据，查明犯罪事实和犯罪嫌疑人。
- 军事检察院：负责审查军队保卫部门侦查终结的案件，决定是否提起公诉，并对刑事诉讼活动进行法律监督。
- 军事法院：负责审判军人犯罪案件，依据法律和事实作出公正判决。
三. 处理程序
- 立案与侦查：军队保卫部门在发现犯罪线索或接到报案后，经审查认为有犯罪事实且需追究刑事责任时，会予以立案并展开侦查。
- 审查起诉：侦查终结后，案件会移送至军事检察院，由其进行全面审查，决定是否提起公诉。
- 审判：军事法院受理案件后，将按照法定程序进行审理，并最终作出判决。
- 执行：判决生效后，刑罚将由相应执行机关执行。
四. 特殊情况处理
- 军人在地方作案：若地方公安机关发现军人犯罪，应及时移交军队保卫部门侦查，以确保处理的公正性和军队纪律的维护。
- 退役军人犯罪：退役军人在地方犯罪的，由公安机关处理。但若其在服役期间犯罪，退役后才被发现且仍在追诉期内，则军队司法机关需负责查清事实并移送地方处理。
综上所述，军人犯罪的处理是一个涉及军队保卫部门、军事检察院和军事法院的严谨过程，旨在确保司法公正、维护军队纪律和国家形象。我建议在涉及军人犯罪的具体案件时，应严格按照上述程序和法律规定进行处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。