在拥有临时用地批复文件但未经特别批准占用基本农田的情况下，将可能面临一系列法律后果。首先，我们需要明确几个关键点：

1. 基本农田的保护性：

   • 基本农田是受到严格保护的耕地，专门用于农业生产和保障国家的粮食安全。
   • 按照《土地管理法》的规定，临时用地原则上不得占用永久基本农田。

2. 占用基本农田的批准程序：

   • 若确需占用基本农田作为临时用地，必须经过严格的审批程序，通常由省级自然资源主管部门或更高层级（如国务院）批准。
   • 未经特别批准擅自占用基本农田是违法的。

3. 法律后果：

   • 行政处罚：依据《土地管理法》等相关法规，自然资源主管部门有权责令限期改正或治理，恢复土地原状，并可并处占用基本农田的耕地开垦费1倍以上2倍以下的罚款。
   • 刑事责任：若造成基本农田毁坏，数量较大，可能涉嫌构成非法占用农用地罪，面临刑事处罚，根据《刑法》规定，可能处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
   • 地上附着物的处理：违法建设的地上附着物通常会被依法拆除。

4. 建议与措施：

   • 在考虑使用临时用地时，应尽量避免占用基本农田。
   • 若确需占用，必须依法提出申请，并按照规定的程序和要求进行审批。
   • 在使用临时用地期间，应妥善保护土地，确保在使用期满后能够及时恢复种植条件。

综上所述，即使拥有临时用地批复文件，也未经特别批准不得占用基本农田。若擅自占用，将面临严厉的法律制裁。因此，建议在使用临时用地时严格遵守相关法律法规，确保合法合规。