被起诉的是分公司，总公司法院不能出具文书。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 分公司与总公司的法律地位

1. 分公司是总公司的附属机构：分公司并不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，在法律上，分公司并不能作为一个完全独立的实体来对待。
2. 总公司与分公司的关系：总公司对分公司拥有全面的管理权和控制权，包括财务、人事、业务等方面。因此，分公司的法律事务通常也需由总公司来统一处理。

二. 法院出具文书的主体要求

1. 法院管辖权的确定：法院在出具任何法律文书时，都需首先确定其对该案件是否具有管辖权。这通常基于被告的住所地、合同履行地、侵权行为地等因素来确定。
2. 针对被告主体的准确性：法院出具的法律文书必须明确指向被告，即被起诉的一方。在本题中，被起诉的是分公司，因此法院应针对分公司出具相应的法律文书，而不是总公司。

三. 实际操作的可行性

1. 分公司的应诉能力：尽管分公司不具备独立的法人资格，但其通常具有一定的应诉能力，可以指派员工或委托律师参与诉讼活动。
2. 总公司的协助义务：在分公司应诉过程中，总公司有义务提供必要的协助和支持，包括提供相关资料、证据等。但这并不意味着总公司可以代替分公司应诉或出具法律文书。

综上所述，被起诉的是分公司时，总公司法院不能出具文书。因为分公司与总公司在法律上具有不同的地位，且法院出具文书的主体要求必须针对被告主体进行。同时，在实际操作中，分公司具备应诉能力，而总公司则负有协助义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。