当一辆未上牌的电动摩托车发生事故时，处理流程与责任判定通常遵循以下步骤和原则：

一、事故现场处理

1. 确保安全：首先确保事故现场的安全，避免进一步的伤害或损失。
2. 报警：立即拨打报警电话，通知交警部门到现场进行勘查和处理。
3. 记录证据：如果条件允许，使用手机或相机拍照记录事故现场，包括车辆位置、损坏情况、周围环境等，以便后续作为证据使用。
4. 交换信息：与事故对方交换姓名、联系方式、车辆信息等，以便后续联系和协商。

二、责任判定

1. 车辆性质认定：电动摩托车在事故中通常被视为机动车。如果电动摩托车未经上牌，这可能会影响责任判定，因为上牌是车辆合法上路的前提。
2. 交警责任认定：交警部门会根据事故现场勘查、证人证言、车辆性质等因素，出具交通事故责任认定书，明确各方责任。
3. 考虑未上牌因素：未上牌的电动摩托车在事故中可能承担更大的责任，因为未上牌意味着车辆可能未经合法注册和检验，存在安全隐患。

三、赔偿处理

1. 交强险责任：虽然电动摩托车可能未投保交强险，但如果事故中涉及机动车，且机动车方有责任，机动车的交强险可能会在一定程度上承担赔偿责任。
2. 协商赔偿：根据事故责任认定书，事故双方可以协商赔偿事宜。如果协商不成，可以通过法律途径解决。
3. 法律诉讼：如果事故责任明确，且赔偿协商无果，受害方可以向法院提起诉讼，要求责任方承担赔偿责任。

四、特殊注意事项

1. 电动摩托车管理现状：目前，电动摩托车的管理实践与相关法律法规可能存在脱节。在某些地区，电动摩托车可能无法投保交强险或进行车辆登记。这种情况下，责任判定可能会更加复杂。
2. 公平原则：在判定责任时，法院会考虑公平原则。如果电动摩托车所有人因不可归责于自身的原因而未给车辆投保交强险，法院可能不会判决其承担交强险责任限额内的全部责任。

综上所述，未上牌的电动摩托车发生事故时，处理流程包括现场处理、责任判定和赔偿处理。在处理过程中，应充分考虑电动摩托车的特殊性质和管理现状，并遵循相关法律法规和公平原则进行判定和赔偿。