当摩托车把别人车撞了，赔偿损失的流程涉及多个方面，以下是对此问题的详细解答：
一、立即报警与责任认定
立即报警：事故发生后，应立即拨打报警电话，确保交警部门能够及时到达现场进行勘查。同时，如果事故中有人员受伤，也应拨打急救电话。
保护现场：在等待交警到来的过程中，应尽可能保护事故现场，避免现场被破坏或证据丢失。可以拍摄现场照片或视频作为后续证据。
责任认定：交警部门会到现场进行勘查，并根据双方当事人的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。责任划分通常分为全部责任、主要责任、同等责任和次要责任。这一责任认定将作为后续赔偿的重要依据。
二、赔偿项目与计算
赔偿项目主要包括以下几类，具体计算方式需根据实际情况确定：
车辆维修费用：根据小车受损情况，确定维修所需费用。如果小车因事故导致贬值，也可能涉及贬值损失的赔偿。
医疗费用：如果事故中有人员受伤，需赔偿因治疗伤者而产生的费用，包括诊疗费、医药费、住院费等。需凭医疗收费票据主张，并保留相关证据。
误工费：如果伤者或小车车主因受伤或车辆维修无法正常工作，需要赔偿其因此产生的误工损失。计算方式通常为误工时间乘以收入状况。
其他费用：如护理费、交通费、营养费、残疾赔偿金（如构成伤残）、精神损害抚慰金（如造成严重后果）等，根据实际情况确定。
三、赔偿流程
协商赔偿：在交警部门的协调下，双方当事人可以尝试协商解决赔偿问题。如果达成一致，可以签订赔偿协议并履行。
调解处理：如果协商不成，可以申请交警部门进行调解。交警部门会根据事故情况和相关法律法规提出调解方案，促使双方达成和解。
诉讼解决：如果调解仍然无法解决争议，受伤方或小车车主可以向人民法院提起民事诉讼，要求摩托车驾驶人承担相应的赔偿责任。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明自己的损失和对方的过错。
四、注意事项
保留证据：务必妥善保管好所有与事故相关的证据材料，包括但不限于现场照片、视频录像、医疗记录、费用单据等。这些证据将在后续的赔偿协商或法律程序中起到关键作用。
了解保险情况：如果摩托车投保了交强险和商业三者险，应及时联系保险公司报案并配合理赔流程。保险公司将根据保险合同约定承担相应的赔偿责任。如果摩托车没有购买足额保险，赔偿压力可能全落在摩托车驾驶人身上。
及时履行赔偿：一旦达成赔偿协议或法院判决生效，应及时履行赔偿义务，避免产生不必要的法律纠纷和额外费用。
综上所述，当摩托车把别人车撞了时，应立即报警并保护现场，等待交警部门进行责任认定。然后根据责任认定结果和实际情况确定赔偿项目和计算方式，通过协商、调解或诉讼等方式解决赔偿问题。在整个过程中，务必保留好相关证据并了解保险情况，以便及时有效地处理赔偿事宜。