针对“虚开免税的普票如何处理”这一问题，首先需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，无论发票是否免税，都不应进行虚开。下面将结合相关法律法规和实际案例，为您提供清晰、详细、有深度的解答。

一、虚开发票的定义与后果

虚开发票指的是开具与实际经营业务情况不符的发票，包括无实际交易而开具发票、发票金额与实际交易金额不符等情况。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，虚开发票将面临严厉的处罚。

二、虚开免税普票的处理方式

1. 法律处罚：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，虚开发票的，由税务机关没收违法所得，并可以根据虚开金额的大小处以不同额度的罚款。具体罚款标准根据虚开金额的不同而有所差异，如虚开发票金额在100万元以上的，可处30万元以上50万元以下罚款。
   • 情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。例如，在案例中提到的济南永彦农业种植有限公司，因虚开991万元的免税农产品发票，被处以30万元罚款，并将案件移送公安机关依法追究刑事责任。

2. 税务处理：

   • 税务机关会对虚开发票的企业进行税务稽查，核实其经营情况和发票开具情况。如发现企业存在偷税、逃税等违法行为，还将依法进行补税、罚款等处理。
   • 同时，税务机关还会向受票企业的主管税务部门发送协查函，对受票企业进行进一步调查处理。

3. 信用惩戒：

   • 虚开发票的企业将被纳入税务失信名单，受到联合惩戒。这将对企业的日常经营、融资、招投标等方面产生严重影响。

三、建议与防范措施

1. 加强内部管理：企业应建立健全发票管理制度，确保发票的开具与实际交易相符。同时，加强对财务人员的培训和教育，提高其法律意识和职业素养。
2. 合规经营：企业应遵守相关法律法规，不进行任何形式的虚开发票行为。如需开具发票，应确保有真实的交易背景和合法的开票依据。
3. 积极配合税务稽查：如企业收到税务机关的稽查通知，应积极配合稽查工作，提供相关资料和说明情况。如发现自身存在问题，应及时整改并补缴税款。

综上所述，虚开免税的普票是一种严重的违法行为，将面临法律处罚、税务处理和信用惩戒等多重后果。因此，企业应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保发票的合规开具。