工程保证金和保函在性质、功能及退还机制上存在显著差异，并非都会退回。以下是对两者的详细分析：

一. 工程保证金

1. 性质与功能：工程保证金是发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。其主要目的是确保工程质量和承包人的维修责任。
2. 退还机制：根据《建设工程质量保证金管理办法》第十条，缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14天内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当按照约定将保证金返还给承包人。因此，工程保证金在缺陷责任期满且承包人履行了维修责任后，是可以退回的。

二. 保函

1. 性质与功能：保函又称“保证书”，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。在工程建设中，保函通常用于担保承包人履行合同义务，如履约保函、预付款保函等。其主要目的是为发包人提供额外的保障，确保承包人能按合同履行义务。
2. 退还机制：保函的退还并非像保证金那样直接退回，而是与保函的类型和具体条款有关。例如，履约保函在承包人完全履行合同义务后，经发包人确认并同意，可以由担保机构注销或解除；预付款保函则在承包人按照合同约定使用预付款并达到一定条件后，经发包人确认，可以由担保机构退还或解除。但需要注意的是，并非所有保函都会退回，有些保函可能因承包人违约而被担保机构用于赔偿发包人的损失。

综上所述，工程保证金和保函在性质、功能及退还机制上存在显著差异。工程保证金在缺陷责任期满且承包人履行了维修责任后是可以退回的；而保函的退还则与保函的类型和具体条款有关，并非都会退回。因此，在处理工程保证金和保函时，应仔细审查相关合同条款和保函条款，明确各自的权利和义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。