基本农田轮作短期草药一般是不合法的。下面我从法律角度为你详细解释这个问题：

法律背景

1. 基本农田的保护：

   • 基本农田是国家为保障粮食安全和满足人民基本生活需要而划定的特定区域，其使用受到严格限制。
   • 《中华人民共和国土地管理法》、《基本农田保护条例》等法律法规对基本农田的使用、管理和保护作出了明确规定。

2. 轮作与种植要求：

   • 基本农田应当主要用于粮食、棉、油、糖、蔬菜等农作物的生产。
   • 禁止在基本农田上挖塘养鱼、种植长期性经济作物或进行其他破坏耕作层的活动。

法律分析

1. 短期草药种植的性质：

   • 短期草药种植通常不属于基本农田保护范围内允许的农作物生产活动。
   • 草药种植可能涉及对土壤耕作层的破坏，且其种植周期和方式可能与基本农田的保护要求不符。

2. 法律后果：

   • 在基本农田上轮作短期草药，可能面临土地管理部门的行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。
   • 情节严重的，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。

建议与指导

1. 合规使用基本农田：

   • 建议严格遵守法律法规，不在基本农田上种植短期草药或其他非允许作物。
   • 如需种植草药，应选择在非基本农田的土地上进行，并确保符合当地土地规划和使用要求。

2. 咨询与指导：

   • 如你对土地性质和使用规定有疑问，可向当地土地管理部门咨询，以获取准确的指导和帮助。
   • 如你在此过程中遇到法律问题或纠纷，可随时向我咨询，我将为你提供专业的法律支持和建议。

综上所述，基本农田轮作短期草药一般是不合法的，建议你合规使用土地，避免不必要的法律风险和损失。