在高速公路上因石头发生事故，责任归属问题需要根据具体情况来细致分析。以下是我根据相关法律法规和实际情况，为您提供的全面解答：

结论前置

责任可能由以下几方承担：

1. 高速公路管理部门：若其未能及时清理路面石头，存在管理疏忽。
2. 遗撒石头的单位或个人：若能确定石头来源，该单位或个人需承担责任。
3. 车主自行承担：在无法确定责任主体且管理部门无过错时，车主可能需自行承担损失，但可通过保险理赔获得补偿。

详细分析

1. 高速公路管理部门的责任

   • 责任判定：高速公路管理部门负有保障道路安全畅通的义务，包括日常巡查、清扫等。若石头长时间存在且管理部门未及时清理，构成管理疏忽，应承担赔偿责任。
   • 法律依据：《民法典》第一千二百五十六条规定，公共道路管理人若不能证明自己尽到清理、防护义务，必须担责。同时，《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第七条也支持这一观点。

2. 遗撒石头的单位或个人的责任

   • 责任判定：若能确定石头是由特定单位或个人遗撒，该单位或个人作为直接侵权人，应对车辆损失负责。
   • 法律依据：《道路交通安全法》第四十八条规定，机动车载物不得遗洒、飘散载运物。违反此规定导致他人损害的，应承担侵权责任。

3. 车主自行承担的情况

   • 在无法确定责任主体且高速公路管理部门已尽到管理职责的情况下，车主可能需要自行承担车辆损失。
   • 但若车主购买了车损险等相关保险，可向保险公司申请理赔，由保险公司按照保险合同的约定进行赔偿。

特殊情况说明

• 自然掉落：若石头因自然原因（如山体滑坡）掉落，且高速公路管理部门能证明已尽到管理职责，则可能不承担责任。
• 故意行为：若有人故意扔掷石头或车辆故意遗撒，应追究该人或车主的责任。

操作建议

1. 立即报警并取证：发生事故后，应第一时间报警，并尽可能收集现场证据，如照片、视频等，以便后续维权。
2. 咨询专业意见：若对责任归属或赔偿问题有疑问，可咨询专业律师，了解具体的索赔途径和法律责任。
3. 及时理赔：若购买了相关保险，应及时向保险公司报案并申请理赔。

综上所述，高速公路上因石头发生事故的责任归属问题涉及多个方面，需要根据具体情况进行细致分析。若您遇到此类问题，建议按照上述建议操作，以维护自己的合法权益。