关于“科目三安全费”是否合法，这个问题首先需要明确的是“科目三安全费”的具体定义和性质，以及它是否属于官方规定的收费项目。

从您提供的参考信息中，我们可以看到两份官方文件。第一份是某省发展改革委和财政厅关于降低机动车驾驶许可考试收费标准的通知。在这份通知中，详细列出了机动车驾驶许可考试的各个科目及其收费标准，包括科目三的考试费用。但在这份通知中，并没有提到“科目三安全费”这一项目。

第二份文件是北海市发展和改革委员会关于摩托车驾驶人科目二、科目三训练场地和训练车辆租赁收费问题的批复。这份文件指出，摩托车考试科目二、科目三的训练场地和车辆租赁费实行市场调节价管理，并没有提及“安全费”。同时，文件也强调了收费必须遵循自愿原则，不得强制服务或只收费不服务，并要求明码标价，公开收费项目、标准及依据。

基于这些信息，我们可以推断，“科目三安全费”很可能不是官方规定的收费项目。在官方公布的收费标准中，并没有包含这一项费用。因此，如果驾校或考试机构以“科目三安全费”的名义额外收费，那么这种行为可能是不合法的。

如果您遇到了这样的情况，建议您首先向驾校或考试机构询问这笔费用的具体用途和合法性。如果他们无法提供合理的解释或证明这笔费用的合法性，您可以向相关部门（如交通运输管理部门、价格监督管理部门等）进行投诉或举报。

总的来说，“科目三安全费”是否合法取决于它是否是官方规定的收费项目。从您提供的参考信息来看，这并不是官方公布的收费标准中的一项，因此如果额外收取这笔费用，可能是不合法的。