在快速公路上违法占用应急车道行驶，一般情况下会被扣除6分。以下是详细的分析和说明：
一、法律条款
根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第十一款的规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次记6分。同时，根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，此类行为还可能面临20元以上200元以下的罚款。
二、特殊情况
车辆故障：如果车辆因突发故障等紧急情况被迫占用应急车道，如车辆爆胎、发动机故障等非主观故意的情况，通常经过调查核实后，不会予以扣分和罚款处罚。但驾驶者需要采取必要的安全措施，如在来车方向150米以外设置警告标志，并迅速报警说明情况。
营运车辆：对于营运车辆来说，违法占用应急车道的后果更为严重。不仅会被扣除12分，还会被处以二百元的罚款，并且驾驶证会被降级处理。
交通管制：如果遇到交通管制而强行占用应急车道，则可能面临一千元以上二千元以下的罚款，甚至可能被拘留十五日以下。
三、法律建议
严格遵守交通规则：为了自身和他人的安全，请严格遵守交通规则，不要违法占用应急车道。应急车道是专为处理应急事务的车辆设置的通道，包括工程救险、消防救援、医疗救护以及民警执行紧急公务等，其畅通无阻对于及时应对各类紧急情况至关重要。
采取安全措施：在紧急情况下确需使用应急车道时，也应按照相关规定采取必要的安全措施，并及时报警说明情况。如开启危险报警闪光灯、摆放警告标志、人员撤离到安全区域等。
了解法律后果：驾驶员应了解违法占用应急车道的法律后果，包括扣分、罚款、驾驶证降级等，以增强遵守交通规则的自觉性。
综上所述，快速公路上违法占用应急车道行驶是一种严重的交通违法行为，其法律后果严重且明确。驾驶员应严格遵守交通规则，避免非紧急情况下占用应急车道，以确保道路交通的安全与秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。