故意毁损会计凭证罪的追诉时效为五年。

详细分析如下：

一、法律依据

根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪经过一定期限后将不再被追诉。具体追诉时效如下：

1. 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
2. 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
3. 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
4. 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。若二十年后仍需追诉，需报请最高人民检察院核准。

二、故意毁损会计凭证罪的追诉时效应用

故意毁损会计凭证罪，依据《中华人民共和国刑法》第一百六十二条之一的规定，对于隐匿或故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计账簿、财务会计报告，且情节严重的行为，将处以五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金。由于该罪行的法定最高刑为五年有期徒刑，因此其追诉时效为五年。

三、追诉时效的计算方法

追诉期限从犯罪之日起计算。若犯罪行为具有连续或继续状态，则从犯罪行为终了之日起计算。此外，若在追诉期限内再次犯罪，则前罪的追诉期限将从犯后罪之日起计算。

综上所述，故意毁损会计凭证罪的追诉时效为五年，这一结论基于《中华人民共和国刑法》中关于追诉时效和该罪行的具体规定。若您有相关法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。