总公司的中小企业认定不包含非独立法人资格的分公司。以下是对此结论的详细分析：

一. 分公司不具有独立法人资格

• 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，公司可以设立分公司，但分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这表明分公司并非独立的法律主体，而是总公司的附属机构。

二. 中小企业认定以法人为主体

• 现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体进行计算并缴纳企业所得税。这意味着中小企业的认定也是以法人为主体的，即只有具有法人资格的企业才能被认定为中小企业。

三. 分公司的经营情况应并入总公司

• 由于分公司不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款。因此，在中小企业的认定上，分公司的数据也是被并入总公司进行考量的，而不是单独作为一个企业进行认定。

四. 总结

• 综上所述，总公司的中小企业认定不包含非独立法人资格的分公司。分公司的经营数据和税务情况需要并入总公司进行统一处理，不能单独作为中小企业进行认定。

我的观点是，基于上述法律分析和规定，总公司的中小企业认定确实不包含非独立法人资格的分公司。如有进一步需要，您可以继续咨询我。