违反协议支付的违约金在会计核算中应计入特定的科目，具体取决于支付或收取违约金的身份以及与企业日常经营活动的关联程度。

支付违约金

对于企业支付的违约金，一般应计入“营业外支出”科目。这是因为违约金不属于企业正常经营活动中发生的成本或费用，而是由于企业违反合同约定而产生的一种额外支出，与企业的日常经营活动没有直接关联。例如，如果企业未能按时交付货物而支付违约金，这笔支出就应计入“营业外支出”。

会计分录方面，当确定需要支付违约赔偿时，会计分录通常为：借“营业外支出-违约赔偿”，贷“银行存款”或相关科目。这表示企业已从银行存款中支付了这笔违约赔偿，并将其记录为营业外支出。同时，支付违约赔偿时，必须有合法有效的凭证作为依据，如双方签订的赔偿协议、收款方开具的收据等，以确保账务处理的合规性。

在税务处理上，支付的合同违约赔偿金只要有合法、有效的凭证，一般是可以在税前全额扣除的，这有助于降低企业的税务负担。

收取违约金

对于企业收取的违约金，通常应计入“营业外收入”科目。这是因为收取的违约金并非企业通过正常经营业务所取得的收入，而是一种偶然发生的利得。例如，如果对方因未按合同履行义务而向本企业支付违约金，这笔收入就应作为“营业外收入”进行核算。

会计分录方面，接收赔偿金时，会计分录通常为：借“银行存款”或相关科目，贷“营业外收入”。这表示企业已收到对方支付的赔偿金，并将其作为营业外收入进行核算。

在税务处理上，接收的赔偿金需要计入应税收入总额，计算缴纳企业所得税。这意味着接收方企业在获得赔偿金的同时，也需承担相应的税务责任。

注意事项

1. 结合具体情况：具体的记账处理还需结合合同违约的具体情况以及企业的会计政策来确定。不同企业的会计政策和处理方式可能有所不同，因此在实际操作中应灵活应用。
2. 遵循法规要求：在进行相关账务处理时，企业应严格遵循会计准则和相关法规的要求，确保账务处理的准确性和合规性。
3. 税务筹划：在税务处理方面，企业应进行合理的税务筹划，充分利用税收政策，降低税务风险。

综上所述，违反协议支付的违约金应计入“营业外支出”科目（对于支付方）或“营业外收入”科目（对于收取方），并确保相关凭证的合法性和合规性。同时，在税务处理上也应遵循税法规定，合理筹划税务事务。