物权登记的特殊情况主要包括三类情形：
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。例如，国家所有的土地、森林、海域等自然资源，其所有权无需登记即可确认，但在这些资源上设立用益物权、担保物权时，则需要依法登记才能生效。
非依法律行为而发生的物权变动：
- 因人民法院、仲裁机构的法律文书或者人民政府的征收决定等导致物权变动的，自法律文书或者征收决定等生效时即发生物权变动的效力。例如，法院判决某房产归某人所有，则该判决生效时，该人即取得该房产的所有权，无需再办理登记。
- 因继承取得物权的，自继承开始时即发生物权变动的效力。例如，某人死亡后，其继承人根据遗嘱或法定继承规定继承其房产，继承开始时即取得房产的所有权，无需再办理登记。
- 因合法建造、拆除房屋等事实行为设立和消灭物权的，自事实行为成就时即发生物权变动的效力。例如，某人在自己的土地上合法建造房屋，房屋建造完成时即取得房屋的所有权，无需再办理登记。
考虑到现行法律的规定以及我国的实际情况尤其是农村的实际情况，部分不动产物权的变动并未规定必须经依法登记才发生效力：
- 例如，在土地承包经营权中，土地承包经营权互换、转让的，当事人可以向登记机构申请登记；未经登记的，不得对抗善意第三人，但并非不发生效力。
- 在宅基地使用权中，对宅基地使用权的变动也并未规定必须登记，只是规定已经登记的宅基地使用权转让或者消灭的，应当及时办理变更登记或者注销登记。
- 在地役权中，地役权自地役权合同生效时设立；当事人要求登记的，可以向登记机构申请地役权登记；未经登记的，不得对抗善意第三人。
综上所述，物权登记的特殊情况主要包括依法属于国家所有的自然资源所有权可以不登记、非依法律行为而发生的物权变动以及部分不动产物权变动未规定必须经依法登记才发生效力的情形。在这些特殊情况下，物权变动的效力可能并不完全依赖于登记。如有进一步需要，您可以继续咨询我。