信用卡逾期扣了违约金，该逾期记录会上报征信。具体分析如下：

1. 逾期记录与征信的关系：根据《征信业管理条例》第十六条，征信机构对个人不良信息的保存期限为自不良行为或事件终止之日起5年。信用卡逾期，即使已经扣了违约金，但仍然属于不良行为，因此该逾期记录会被上报至征信机构，并在征信报告中体现。

2. 不良信息的处理：虽然逾期记录会上报征信，但在不良信息保存期限内，信息主体（即信用卡持卡人）可以对不良信息作出说明，征信机构应当予以记载。这意味着，如果持卡人有合理的解释或后续采取了积极措施改善信用状况，虽然逾期记录不能立即消除，但可以在一定程度上减轻其负面影响。

• 生活实例：假设小张的信用卡因忘记还款而逾期，并因此被扣了违约金。即使小张后来补上了还款并支付了违约金，但这次逾期记录仍然会被上报至征信机构。不过，如果小张在之后的时间里一直保持良好的信用记录，并主动向征信机构说明这次逾期的原因，那么这次逾期记录虽然存在，但对其整体信用评估的影响会逐渐减弱。

综上所述，信用卡逾期扣了违约金后，该逾期记录会上报征信。因此，我建议持卡人务必注意按时还款，避免逾期，以维护良好的信用记录。如有进一步需要，您可以继续咨询我。