抖音店铺关联主体货款被判罚后的冻结期限为90天，到期后不一定会自动解冻。具体分析如下：

一. 冻结期限与解冻条件

1. 冻结期限的明确：根据抖音平台的相关规定，店铺关联主体货款被判罚后，通常会有一个冻结期限，如问题中所述的90天。这是平台为了保障消费者权益、维护平台秩序而设定的一种惩罚措施。
2. 解冻条件的不确定性：虽然冻结期限是明确的90天，但解冻并非自动进行。平台在冻结期满后，会根据店铺的违规情况、整改效果以及平台政策等多方面因素，综合评估是否给予解冻。因此，不能简单地认为冻结期满后货款就会自动解冻。

二. 可能影响解冻的因素

1. 店铺的违规情况：如果店铺在冻结期间再次发生违规行为，或者之前的违规行为情节严重，平台可能会延长冻结期限，甚至永久冻结货款。
2. 整改效果：店铺在冻结期间需要积极整改，纠正违规行为，提升服务质量。如果整改效果不明显，或者店铺未能按照平台要求进行有效整改，也会影响解冻的可能性。
3. 平台政策调整：平台可能会根据市场情况、政策变化等因素，对解冻条件进行适时调整。因此，店铺需要密切关注平台政策动态，以便及时了解解冻条件的变化。

三. 建议与措施

1. 积极整改：店铺在冻结期间应积极配合平台的整改要求，纠正违规行为，提升服务质量。这是解冻货款的重要前提。
2. 与平台沟通：如果店铺对解冻条件或解冻进程有疑问，可以主动与平台客服沟通，了解具体情况并寻求帮助。
3. 关注平台政策：店铺应密切关注平台政策动态，以便及时了解解冻条件的变化，并据此调整整改策略。

我建议您在冻结期间积极整改店铺，提升服务质量，并与平台保持密切沟通。同时，也要关注平台政策的动态变化，以便及时了解解冻条件的变化并作出相应调整。如有进一步需要，您可以继续咨询我。