在交通事故中，如果双方已经协商确定了鉴定机构，但对受损车主单方找的维修门店有异议，确实可以提出异议。以下是对此问题的详细分析：

1. 异议的提出：

   • 既然双方已经协商确定了鉴定机构，那么鉴定机构出具的鉴定意见在理论上应当被双方接受。但如果对维修门店的选择有异议，认为其可能影响维修费用或维修质量的评估，那么完全有权向鉴定机构或相关部门提出异议。
   • 提出异议时，应明确异议的具体内容，比如认为维修门店不具备相应的资质、维修费用过高或过低等，并提供相应的证据或理由支持异议。

2. 异议的处理：

   • 鉴定机构在收到异议后，通常会进行复核或重新评估。他们可能会要求受损车主提供更多关于维修门店的信息，或者对维修门店进行实地考察。
   • 如果异议成立，鉴定机构可能会调整原来的鉴定意见，或者建议双方重新选择维修门店。
   • 如果异议不成立，鉴定机构会维持原来的鉴定意见，并解释异议不成立的原因。

3. 法律建议：

   • 在提出异议前，建议受损车主先了解相关的法律法规和鉴定程序，确保自己的异议有理有据。
   • 如果异议处理过程中遇到任何问题，或者对鉴定机构的决定不服，可以寻求法律援助或咨询专业律师（如本人）以获取更专业的建议。

综上所述，对受损车主单方找的维修门店有异议时，完全有权提出异议，并通过正当程序寻求解决。在处理过程中，应保持沟通顺畅，尊重鉴定机构的决定，并必要时寻求法律援助。