乡村医生五一后违约金一次性付清，通常不会被记录档案。但具体是否会记录，还需根据当地卫生健康行政部门的具体规定以及违约金的性质来确定。以下是对此问题的详细分析：

1. 违约金的性质：

   • 违约金通常是在合同中约定的，用于约束合同双方按照约定履行义务。如果一方违约，则需要向另一方支付违约金作为补偿。
   • 在乡村医生的情况下，违约金可能与其未按照合同或规定履行医疗服务职责有关。

2. 违约金支付后的影响：

   • 一般来说，违约金支付完毕后，双方的合同关系即告结束，违约方也承担了相应的违约责任。
   • 在没有其他违法行为或严重失信行为的情况下，单纯因违约而支付的违约金，通常不会被记入个人档案作为不良记录。

3. 当地规定的影响：

   • 虽然一般情况下违约金支付后不会被记录档案，但具体还需参考当地卫生健康行政部门的相关规定。
   • 某些地区或单位可能会有特殊规定，对乡村医生的违约行为进行更严格的记录和管理。

4. 建议与咨询：

   • 如果你对当地的具体规定不清楚，建议咨询当地卫生健康行政部门或相关机构，以获取最准确的信息。
   • 同时，也可以咨询专业律师（比如我），了解更具体的法律后果和应对措施。

综上所述，乡村医生五一后违约金一次性付清，在一般情况下不会被记录档案。但为了确保最准确的信息，建议咨询当地相关部门或专业律师。