针对《保障中小企业款项支付条例》出具后总包单位应如何应对的问题，以下是一些具体的建议和指导：

首先，总包单位需要对合同条款进行细致的审查和“排雷”。在新版条例下，一些以往常见的付款条款，如“6个月验收后付款”或“以商票支付需贴息”等，可能将不再合规。因此，总包单位在与中小企业签订合同时，应确保付款期限和支付方式符合条例要求。具体来说，大型企业向中小企业采购时，原则上应在交货后60天内付款，且特殊约定不得变相延长付款期限。同时，支付方式应尽量采用现金结算，减少使用商业汇票，若必须使用，则应明确贴息承担方，以避免给中小企业带来不必要的负担。

其次，总包单位需要优化付款流程，去除“臃肿”环节。应设立专人跟进付款节点，确保到期自动触发审批，避免人为拖延。此外，在遇到合同争议时，对于无争议的部分应先予支付，以体现公平和效率。

在供应商管理方面，总包单位应更加“讲人情”。这并非指不顾原则地迁就供应商，而是在合规的前提下，主动了解供应商的资金状况，对确实存在困难的供应商给予适当的帮助和支持。例如，在约定范围内提前支付部分款项，或者给予长期合作的优质供应商更短的付款周期作为“特殊待遇”，从而建立更加稳固和共赢的合作关系。

最后，总包单位需要充分认识到违规成本的严重性。根据新版条例，拖欠款将按日万分之五支付利息，相当于年息高达18.25%。此外，被投诉后还可能被列入“失信名单”，严重影响企业的招投标和信誉。因此，建议总包单位每月自查付款记录，一旦发现超期立即整改，以规避法律风险并维护良好的企业形象。

综上所述，总包单位在应对《保障中小企业款项支付条例》时，应从合同条款审查、付款流程优化、供应商管理以及违规成本认知等多个方面入手，确保合规经营并维护与中小企业的良好合作关系。