关于门市土地出让金相关部门是否有告知义务的问题，我可以明确地告诉你，相关部门确实有一定的告知义务。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律法规依据：

   • 根据相关法律法规，政府部门在履行其职责时，应当遵循公开、公平、公正的原则。这意味着，在涉及土地出让金等重要事项时，相关部门有义务向相关当事人提供必要的信息和说明。
   • 具体到土地出让金，这通常涉及到土地的使用权转让、费用缴纳等关键环节。因此，相关部门在办理这些手续时，应当告知当事人相关的法律政策、费用标准、缴纳方式等重要信息。

2. 告知义务的内容：

   • 相关部门应当告知当事人土地出让金的计算标准、缴纳期限、缴纳方式等具体细节。
   • 如果存在特殊情况或优惠政策，也应当及时告知当事人，以确保其能够充分了解并享受相关权益。

3. 告知义务的意义：

   • 履行告知义务有助于保障当事人的知情权，使其能够做出更加明智的决策。
   • 同时，这也是政府部门提高服务透明度、优化营商环境的重要举措。

综上所述，门市土地出让金相关部门在办理相关手续时，确实有一定的告知义务。如果你在这方面遇到了任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。