在处理违规认定特殊病种的情况时，首先需要明确的是，各地对于特殊病种的认定和管理政策可能存在差异。因此，以下提供的建议将基于一般性的流程和原则，但具体操作时还需参考当地医保部门或相关医疗机构的具体规定。

一、了解政策与规定

首先，建议详细查阅当地医保部门发布的关于特殊病种认定的相关政策文件，了解特殊病种的范围、认定标准、报销待遇以及违规处理的规定。这将有助于您更清晰地了解整个流程，并避免不必要的误解或错误。

二、自查与整改

如果您或您的亲友被认定为违规，首先需要自查是否存在不符合特殊病种认定标准或报销规定的行为。如果存在违规行为，应立即进行整改，如退回不当得利、纠正不实申报等。

三、申诉与沟通

如果您认为认定结果存在误判或不当之处，可以向当地医保部门提出申诉。在申诉过程中，您需要提供充分的证据来支持您的观点，如医疗记录、诊断证明、报销凭证等。同时，保持与医保部门的良好沟通，了解申诉的进展和结果。

四、接受处理与后续管理

如果申诉未能成功，或者您确实存在违规行为，那么您需要接受医保部门的处理决定。这可能包括取消特殊病种资格、追回已报销的医疗费用、罚款等。在处理完成后，您需要加强自我管理，确保今后不再出现类似问题。

五、预防与合规建议

为了避免未来再次出现违规情况，建议您：

1. 严格遵守医保政策和规定，不进行任何形式的欺诈、骗保行为。
2. 定期了解和学习医保政策的变化和更新，确保自己的行为始终符合政策要求。
3. 在就医和报销过程中，保持诚信和透明，如实提供医疗信息和费用情况。
4. 如有需要，可以咨询专业的医保顾问或律师，获取更具体的法律和政策指导。

总之，处理违规认定特殊病种的情况需要耐心、细心和诚信。通过了解政策、自查整改、申诉沟通、接受处理以及加强预防和管理，您可以更好地维护自己的合法权益，并确保医疗资源的合理使用。