擅自代用处方药是违法的。具体分析如下：

1. 法律规定：根据《中华人民共和国药品管理法》及相关实施条例，医疗机构应当从具有药品生产、经营资格的企业购进药品，并按照批准的处方调剂药品。未经批准，医疗机构不得擅自使用其他医疗机构配制的制剂，也不得擅自配制制剂。

2. 违法行为：如果医疗机构擅自代用处方药，即未按照医师开具的处方调剂药品，而是将其他药品替代给患者使用，这种行为违反了药品管理法的相关规定。

3. 法律后果：对于这种违法行为，药品监督管理部门将责令改正，没收违法购进的药品和违法所得，并处以罚款。情节严重的，还可能吊销医疗机构执业许可证，甚至追究刑事责任。

因此，医疗机构必须严格按照医师开具的处方调剂药品，不得擅自代用处方药。如果患者发现医疗机构存在此类违法行为，可以向当地药品监督管理部门举报，以维护自身合法权益和药品市场秩序。