当您已经与银行协商好还款方案，但又收到银行发送的告知最后还款的短信时，这可能是由于系统更新延迟、人为误解或信息传递错误等原因导致的。为了妥善处理这一情况，您可以按照以下步骤进行：

一、核实短信内容

首先，请仔细阅读短信内容，确认是否确实为银行发送的关于最后还款的提醒。同时，核对您之前与银行协商的还款方案，确保短信内容与协商结果不符。

二、联系银行客服

如果确认短信内容与协商方案不符，建议您立即拨打银行官方客服电话或前往银行网点，与银行客服人员取得联系。在沟通时，请提供您的身份信息、协商还款的详情以及您收到的短信内容，以便银行能够迅速了解并处理这一问题。

三、明确还款安排

与银行客服人员沟通时，务必明确您之前的协商还款方案是否仍然有效，以及是否需要做出任何调整。确保您了解并清楚当前的还款金额、还款期限等关键信息。

四、保留证据材料

在整个沟通过程中，建议您保留所有相关的沟通记录和文件资料，如电话录音、短信截图、还款协议等。这些证据将有助于证明您与银行的协商结果，并在日后可能出现的争议中提供有力支持。

五、按期履行还款承诺

最后，根据与银行协商确定的还款方案，务必严格按期履行还款承诺。如果您有任何困难或无法按时还款，请提前与银行沟通并寻求解决方案，以避免产生不必要的麻烦和费用。

总之，面对这种情况，保持冷静并主动与银行沟通是解决问题的关键。通过双方的有效沟通，相信能够迅速解决误会并避免不必要的麻烦。