已经抵押的车辆确实有可能因二次经济纠纷被法院查封。以下是详细分析：

一. 抵押权与查封的关系

1. 抵押权的存在不阻碍查封：抵押权的设立是为了保障债权人在债务人不履行债务时，能够就抵押财产优先受偿。但这并不意味着抵押财产就不能被法院查封。在强制执行过程中，法院有权对被执行人的财产采取查封措施，无论该财产是否已经设定抵押。
2. 查封后的处理：当抵押的车辆被法院查封后，法院在处置该车辆时，会确保抵押的债权在拍卖或变现款中得到优先支付。这意味着，虽然车辆被查封，但抵押权人的权益仍然得到保护。

二. 法院查封抵押车辆的条件

1. 未履行法院生效判决：当被执行人未履行法院生效判决所确定的义务时，其所有的财产，包括已经设定抵押的财产，都可以成为法院强制执行的对象。
2. 查封后的拍卖或变卖：法院在查封这些财产后，将依法进行拍卖或变卖，所得价款将优先用于支付抵押权人的债权，余额部分则用于清偿申请执行人的债权。

三. 担保权人的权利行使

1. 说明担保权情况：担保权人需要向法院说明自己对被查封的财产所享有的担保权情况，并提供相应的证据供法院审查。
2. 提出优先受偿请求：担保权人可以向法院提出依法以该财产价款优先受偿的请求，这一请求将依据相关法律法规进行处理。

综上所述，已经抵押的车辆在二次经济纠纷中确实有可能被法院查封。但抵押权人的权益在查封和处置过程中仍然得到保护，可以依法行使自己的权利。如有进一步需要，您可以继续咨询我。