针对您提出的“项目区有淹没区占用永久基本农田如何补划永久基本农田选址”的问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
首先，需要明确的是，永久基本农田是国家的宝贵资源，必须严格保护。在项目建设中，如果确实需要占用永久基本农田，必须按照相关法律法规和政策要求进行补划，以确保永久基本农田的数量不减少、质量不降低。
针对您提到的淹没区占用永久基本农田的情况，补划永久基本农田的选址应遵循以下原则：
合法性：补划的永久基本农田必须符合国家和地方的法律法规，确保选址的合法性和合规性。
合理性：选址时应考虑地块的地理位置、土壤质量、水资源状况等因素，确保补划的永久基本农田具备良好的农业生产条件。
连片性：为了便于管理和耕作，补划的永久基本农田应尽可能集中连片，避免零散分布。
可持续性：选址时应考虑地块的长期可持续利用性，确保补划的永久基本农田能够长期保持其农业生产功能。
在具体操作上，可以按照以下步骤进行补划选址：
调查摸底：对项目区内的永久基本农田进行全面调查，摸清底数，包括占用面积、位置、质量等信息，为补划工作提供基础数据。
制定方案：依据资源调查结果和上级政策要求，编制永久基本农田调整补划方案。方案应明确补划地块的位置、面积、质量等关键信息，并确保补划后的永久基本农田布局合理、数量不减少、质量有提高。
选址论证：对选定的补划地块进行详细的论证和评估，确保其符合永久基本农田的选址原则和要求。必要时可以邀请专家进行实地考察和评估。
报批备案：将补划方案按照相关规定报请上级主管部门审批备案。在报批过程中，应提供完整的论证材料和依据，确保方案的合法性和可行性。
实施监管：补划方案经批准后，应严格按照方案实施，并加强对补划地块的监管和保护。定期监测地块的使用情况和农业生产状况，确保补划的永久基本农田得到有效利用和保护。
此外，还可以参考一些成功的案例和经验做法，如江苏省自然资源厅印发的《〈江苏省重大建设项目规划土地用途调整方案暨占用永久基本农田补划方案编制及审核监管要点(试行)〉补充要求(2024年)》，该文件中对补划永久基本农田的选址、论证、报批等方面都提出了具体的要求和规定，可以作为实际操作中的参考依据。
综上所述，补划永久基本农田的选址是一个复杂而细致的工作，需要综合考虑多个因素和环节。通过科学合理的选址和严格的实施监管，可以确保永久基本农田的数量不减少、质量不降低，为国家的粮食安全和农业发展提供有力保障。