公积金直接还贷款但仍收到逾期短信，可能是因为扣款账户余额不足、银行卡过期或系统扣款延迟等原因导致的。下面我将详细分析并给出法律依据：

一. 分析可能原因

1. 扣款账户余额不足：即使你设置了公积金直接还款，但如果扣款账户（如银行卡）中的余额不足以覆盖当期应还贷款本息，就会导致扣款失败，从而产生逾期。

   • 例如，你的公积金每月应还金额为2000元，但扣款账户中只有1500元，那么就会因余额不足而扣款失败。

2. 银行卡过期或异常：如果你的银行卡过期、挂失、冻结或注销等，公积金中心将无法从该卡中扣款，同样会导致逾期。

3. 系统扣款延迟：虽然公积金中心通常会按时扣款，但也有可能因系统问题或银行处理延迟而导致扣款未能在约定时间内完成。

二. 法律依据

• 根据民法典的相关规定，借款人未按照借款合同约定时间足额偿还公积金贷款本息的行为，属于违约行为，应承担违约责任。这包括因上述原因导致的逾期情况。

三. 建议与措施

1. 检查扣款账户：立即检查你的扣款账户余额和银行卡状态，确保账户余额充足且银行卡状态正常。

2. 设置提醒：在手机或银行中设置还款提醒，以便在还款日前及时存入足额资金。

3. 联系公积金中心：如果确认是公积金中心或银行的问题导致的逾期，应及时联系公积金中心或银行客服，说明情况并请求处理。

4. 关注个人征信：由于逾期会影响个人征信，建议定期查询个人征信报告，了解信用状况。

综上所述，公积金直接还贷款但仍收到逾期短信，可能是因为扣款账户余额不足、银行卡过期或系统扣款延迟等原因导致的。我建议你立即检查扣款账户和银行卡状态，并采取相应的措施避免再次发生逾期。如有进一步需要，您可以继续咨询我。