住房公积金晚了两天缴纳，一般不算逾期，但具体需根据当地住房公积金管理中心的规定来确定。
一. 关于是否算逾期
通常情况：住房公积金的缴纳有一定的宽限期，晚了两天缴纳，在多数情况下并不会被视为逾期。这是因为住房公积金的缴纳系统通常会考虑到各种可能的延误情况，如银行系统问题、单位财务操作延误等，所以设置了一定的宽限时间。
特殊规定：然而，不同地区的住房公积金管理中心可能有不同的规定。有些地区可能对缴纳时间有更为严格的要求，晚了两天就可能被视为逾期。因此，具体是否算逾期，还需参考当地住房公积金管理中心的具体规定。
二. 关于如何处理
查询规定：首先，建议查询当地住房公积金管理中心的相关规定，明确晚了两天缴纳是否会被视为逾期。
及时补缴：如果晚了两天缴纳被视为逾期，那么应尽快进行补缴，并与管理中心联系，了解是否需要支付滞纳金或进行其他处理。
避免再次延误：为了避免未来再次出现类似情况，建议提前设置好缴纳提醒，或与公司财务部门沟通，确保住房公积金能够按时缴纳。
我建议您先查询当地住房公积金管理中心的具体规定，再根据情况决定是否需要进行补缴或其他处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。