双替代奖补资金应由政府相关部门或指定机构进行追缴。

一. 双替代奖补资金的性质

• 双替代奖补资金通常是政府为了推广清洁能源替代传统能源（如煤、油等）而设立的奖励或补助资金。
• 这种资金具有明确的政策导向性，旨在鼓励和支持清洁能源的使用。

二. 追缴主体的确定

• 根据资金的性质，双替代奖补资金是由政府相关部门或指定机构管理和发放的。
• 因此，当需要追缴这部分资金时，也应由政府相关部门或指定机构负责。
• 例如，如果某企业或个人在获得双替代奖补资金后未按照约定使用资金，或者存在其他违规行为，那么政府相关部门或指定机构就有权追缴这部分资金。

三. 追缴的法律依据

• 虽然具体的法律法规可能因地区而异，但通常政府会制定相关的管理办法或规定来明确双替代奖补资金的管理和使用。
• 这些管理办法或规定中往往会包含对违规行为的处理措施，包括追缴资金等。
• 例如，某地区可能制定了《双替代奖补资金管理办法》，其中明确规定了资金的使用范围、申请程序以及违规行为的处理措施等。

综上所述，双替代奖补资金应由政府相关部门或指定机构进行追缴。这是基于资金的性质、追缴主体的确定以及追缴的法律依据等方面的综合考虑。如有进一步需要，您可以继续咨询我。