首先，我们需要明确一点：如果“小三”借了一百万给你们的公司，这首先是一个公司与个人之间的债权债务关系，与“小三”这个身份标签无直接法律关联。在法律上，无论借款人的身份如何，借款行为本身及其法律后果是独立存在的。

接下来，我会从几个角度来分析这个问题，并给出相应的建议：

1. 债权债务关系的确认：

   • 首先，要确认借款事实是否真实存在，是否有书面的借款合同或借据等凭证。
   • 确认借款的金额、期限、利率、还款方式等关键条款是否明确。
   • 如果借款是通过银行转账等方式进行的，要保留好相关的转账记录。

2. 法律后果分析：

   • 如果公司未能按时还款，根据合同约定，公司可能需要承担违约责任，包括但不限于支付逾期利息、违约金等。
   • 如果“小三”作为债权人提起诉讼，公司可能需要面临法律诉讼，并承担相应的法律责任。

3. 处理建议：

   • 如果公司确实存在借款事实，且目前有能力还款，建议尽快与“小三”协商还款事宜，避免不必要的法律纠纷。
   • 如果公司暂时无法还款，可以与“小三”协商延期还款、分期还款等方案，并尽可能签订书面的还款协议。
   • 如果“小三”的借款行为涉及不正当关系或存在其他违法情形，虽然这不影响债权债务关系的独立性，但公司可以考虑在道德和法律允许的范围内采取相应措施维护自身权益。

4. 公司内部管理建议：

   • 公司应加强对财务的管理和监督，确保资金的合法合规使用。
   • 对于涉及公司外部个人的借款行为，应建立严格的审批和登记制度，避免类似情况再次发生。

总之，无论“小三”的身份如何，公司都应正视这笔借款，并依据法律法规和合同约定来处理相关事宜。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。