市场主体登记机关不是市场监管部门的，提交虚假材料违法行为仍由市场监管部门处理。具体分析如下：

一. 处理机关

根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》（中华人民共和国国务院令 第746号,2021年08月24日,2022年3月1日起施行）的相关规定，提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，由登记机关责令改正，并处以相应的罚款。这里的“登记机关”，在大多数情况下，指的是市场监管部门，即负责市场主体登记、监管的行政机关。

即使市场主体登记机关不是市场监管部门，但根据该条例的授权和行政执法的通常做法，市场监管部门作为负责市场监管和行政执法的机关，仍然有权对提交虚假材料等违法行为进行调查和处理。这是因为市场监管部门具有维护市场秩序、保护消费者权益、打击违法经营行为的职责，而提交虚假材料取得市场主体登记正是违反了这些原则和行为准则。

二. 处理流程

市场监管部门在处理提交虚假材料违法行为时，通常会遵循以下流程：

1. 立案：发现涉嫌违法行为后，进行审查并决定是否立案。
2. 调查：对立案的案件，指定专人负责，及时组织调查取证，确保执法人员不少于两人，并听取当事人的辩解陈述。
3. 审查：对案件违法事实、证据、调查取证程序等方面进行审查，提出处理意见。
4. 告知：作出行政决定前，制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。
5. 决定：制作行政决定书，并根据情况决定是否进行集体讨论。
6. 送达：按照法定方式送达行政处罚文书给当事人。
7. 执行：依照生效的行政处罚决定书，执行相应的行政处罚。

综上所述，无论市场主体登记机关是否为市场监管部门，提交虚假材料违法行为都应由市场监管部门进行处理。这是由市场监管部门的职责和《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的授权所决定的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。