如果公务员的银行流水被查出是违纪款，那么处理方式通常会涉及以下几个方面：
纪律处分：
- 根据违纪的严重程度，公务员可能会面临警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等纪律处分。这些处分不仅会影响公务员的职务晋升，还可能影响其工资待遇和未来的职业发展。
违法所得追缴：
- 违纪款作为违法所得，将会被相关部门依法追缴。这通常包括通过银行转账、现金等方式将违纪款退回至指定账户。如果公务员无法说明违纪款的合法来源，还可能面临更严厉的处罚。
法律责任追究：
- 如果公务员的违纪行为构成犯罪，如贪污、受贿等，那么还将依法追究其刑事责任。这可能涉及刑事侦查、起诉、审判等程序，并可能导致公务员被判刑、罚款等刑罚。
预防与教育：
- 除了对违纪公务员进行处罚外，相关部门还会加强预防和教育措施，以防止类似违纪行为再次发生。这可能包括加强制度建设、开展廉政教育、加强监督等方式。
在处理过程中，相关部门会严格依法依规进行，确保公正、公平、公开。同时，公务员也有权依法进行申辩和申诉，以维护自己的合法权益。如果你或你身边的人面临类似问题，建议及时向我咨询，以便更好地了解相关法律规定和处理程序。